En el año 2000 el planeta Tierra sufre un cataclismo en el que la mitad de la humanidad muere después de estrellarse un meteorito en la Antártida, este evento sería conocido como el Segundo Impacto. Shinji Ikari, protagonista de esta historia, es un chico que va a encontrarse con su padre 15 años después del cataclismo, momento en que se está empezando a recuperar la humanidad.

Al encontrar a su padre Shinji descubrirá el motivo de esta llamada 3 años después de ser alejado y es que, por el bien de los demás, debe subir y pilotar un robot gigante conocido como Evangelion y jugarse su hasta entonces pacífica vida para acabar con unos seres conocidos como Ángeles. También descubrirá que el Segundo Impacto no fue como lo cuentan en los libros.